1959 wurde das Schutzgebiet Ngorongoro Conservation Area eingerichtet. Zwanzig Jahre später wurde der Ngorongoro in die UNESCO-Liste des Weltnaturerbes aufgenommen und 2010 wurde der Krater zum Weltkulturerbe ernannt.
Am Rande des Kraters wurden Michael Grzimek und sein Vater Bernhard Grzimek bestattet, die wesentlich zum Schutz der Region beigetragen haben.
Die Ngorongoro Conservation Area umfasst den Einbruchskrater des Ngorongoro, den noch aktiven Vulkan Oldonyio Lengai und die Olduvai Schlucht. Das Ngorongoro Schutzgebiet befindet sich im Norden Tansanias, am südöstlichen Rand der Serengeti. Der Boden des Kraters liegt auf etwa 1700 m Höhe und die Kraterwände sind etwa 400 bis 600 m hoch und liegen auf rund 2300 m über dem Meeresspiegel. Der Krater ist oval und hat einen Durchmesser zwischen 17 und 21 km.
Aufgrund der unterschiedlichen Höhenlagen gibt es verschiedene Klimazonen. In den höheren Lagen ist es meist kühler und auch feuchter. Durch vermehrte Kondensation hängen die Wolken manchmal sehr tief und verdecken den Kraterrand. Es gibt zwei Regenzeiten, die stärkere von März bis Mai, während der die Pisten am Krater teilweise gesperrt sind, und eine schwächere von November bis Januar. Die durchschnittliche Niederschlagsmenge pro Jahr beträgt rund 700 mm, variiert aber je nach Höhenlage. Aufgrund feuchter Winde vom Indischen Ozean her, regnet es häufiger an den Osthängen ab, als an den Westhängen und in der Olduvai Schlucht, die sich im Regenschatten befinden.
Die Hänge des Kraters sind mit dichten Regenwäldern bedeckt. Der Krater wurde Jahrhunderte lang von den Massai als Weidegrund genutzt und dadurch wurde die ganze Landschaft anthropogen überprägt. Der Kratergrund ist zum Großteil mit Grasland bedeckt, welches zur Trockenzeit recht dürr ist, und vereinzelten Akazienhainen. Es gibt einen Alkali-See, den Lake Magadi, und ausgedehnte Sumpflandschaften um ihn herum.
Der Kraterboden bietet rund 30 000 Tieren eine Heimat, darunter einer besonders hohen Dichte an Raubtieren, der höchsten Afrikas. Dazu kommen Zebras, Büffel, Gnus, Elenantilopen, Grant- und Thomson-Gazellen, Warzenschweine, Löwen, Geparden, Leoparden, Schakale und Tüpfelhyänen. Es gibt auch Elefanten, Flusspferde und einige der bedrohten Spitzmaulnashörner. Die Sümpfe und der Soda-See beherbergen rund 250 Vogelarten.
Die große Tierwanderung aus der Serengeti führt auch durch den Ngorongoro Krater.
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